Después de haber triunfado en la batalla de Jahuactal, Gregorio Méndez empezó a idear la estrategia para atacar las fuerzas de los imperialistas franceses y sacarlos de San Juan Bautista (Villahermosa).
Méndez sabía que no iba a ser fácil pues Arévalo contaba con la ventaja de estar protegido por tres edificios que tenía llenos de gente para repeler y atacar a los tabasqueños cuando llegaran. Los edificios eran: la Casa de Gobierno, El Principal y la Casa Fuerte.
Arévalo ordenó que estos edificios fueran reforzados con barricadas y la escuadrilla Franco, tiradora de los buques: el conservador, pailebot, pizarro, chalupas, diana, aurora y emelina y los cañoneros, Tourmete y Pique.
Mientras tanto, Méndez continuó incorporando gente que lo seguía en su lucha, como los hermanos Castillo, Inés Ruiz y Felipe Ortiz, cada uno de ellos con su grupo de gentes. En Cunduacán enroló a un piquete de voluntarios de San Felipe Río Nuevo y a los comandantes Narciso Sáenz y Pedro Fuentes, procedentes de Campeche.
Méndez preparó la estrategia de atacar por tres frentes, pues contaba con poco mas de 1,200 gentes que ya estaban con las armas y el cañón que recuperaron en la batalla de Jahuactal y otras mas que consiguieron.
Eusebio Castillo y Pedro Fuentes se harían cargo de entrar por la parte norte, con 400 combatientes; Lino Merino y Sánchez Magallanes por la parte oeste, con 400 hombres, y Gregorio Méndez, los hermanos Bastar Sozaya y Reyes Hernández lo harian por la parte sur, con cerca de 500 liberales dispuestos a perder la vida por la libertad y soberanía de Tabasco.
Empiezan a caminar estos valientes tabasqueños que se movían en un mar de lodo y agua, con un gran sentimiento patrio, hostigando al enemigo.
El 1 de enero de 1864 entran por la parte norte; Pedro Fuentes con tres dragones y un clarín, hasta que penetraron a San Juan Bautista hasta la parroquia, hicieron sonar las campanas y el enemigo los atacó con rudeza.
Arévalo pidió un arreglo con Méndez, la respuesta fue irrefutable, luchaban para defender a la patria, por ello lucharían hasta con el ultimo hombre.
El 1de febrero, los intrépidos jefes Eusebio Castillo, Narciso Sáenz, Francisco Sáenz y Juan de la Rosa, a sangre y fuego, tomaron el cuartel el principal obligando al enemigo a replegarse hacia el río Grijalva.
Otros ataques se concentraron contra el antrincheramiento de la Casa Fuerte, donde los franceses perdieron muchos conbatientes.
Méndez y Reyes Hernández atacaron la Casa de Gobierno que fue tomada por los tabasqueños después de un par de horas de lucha. Los soldados contratados por Arévalo empezaron a huir al ver que estaban perdidos por la valentía de los tabasqueños. Llegó el momento en que toda la tropa de Méndez se unió en la pazuela de la Casa de Gobierno, gritando: “Fuera, fuera, traidores”.
Así, por los constantes ataques de los tabasqueños, el 27 de febrero de 1864 los imperialistas franceses abandonaron San Juan Bautista por no poder contener los ataques liberales.
Aquel memorable 27 de febrero de 1864, en que brilló esplendorosamente el sol de la libertad en tabasco, Gregorio Méndez lanzó la proclama de la victoria, independencia y libertad de nuestra patria.
Cuando los franceses fueron expulsados, Gregorio Méndez recibió el nombramiento de gobernador y comandante militar del estado de Tabasco, desde el 4 de octubre de 1864, hasta el 6 de junio de 1867.